Rada krakowska jako najwyższy organ ustawodawczy i wykonawczy w mieście sprawowała kontrolę nad wszelkimi jego wewnętrznymi sprawami. Najważniejsze decyzje zapadały na posiedzeniach kolegium radzieckiego. Ono też wydawało wilkierze, czyli dotyczące miasta rozporządzenia porządkowo-administracyjne. Część z nich dotyczyła bezpośrednio ustroju Krakowa i działalności samej rady. I tak na przykład w latach 1379-1463 ogłoszono trzy wilkierze normujące uprawnienia rady starej. W uchwale z 1430 roku rajcy uznali za naganne rozpowiadanie po mieście przez współtowarzyszy o sprawach (nieraz poufnych) omawianych na sesjach rady. Wilkierz z tego samego roku normował z kolei wzajemne stosunki pomiędzy rajcami w przypadku ewentualnego sporu w ich własnym gronie. Podejmowano też kwestie nieusprawiedliwionych nieobecności na posiedzeniach rady czy spóźniania się na nie.
Rada pełniła też funkcje policyjno-obronne. Nadzorowała obronę murów miejskich, a w razie niebezpieczeństwa rajcy osobiście dowodzili załogami w przyporządkowanych im basztach czy bramach. Do kompetencji rajców należało także stanowienie miar i wag, kontrola cen artykułów żywnościowych oraz sądownictwo w tych sprawach. Rada musiała także czuwać nad bezpieczeństwem wewnątrz miasta, a liczne przykłady pokazują, że było do trudne zadanie.
Ponieważ ogrom spraw urzędowych uniemożliwiał radzie zajmowanie się nimi wszystkimi kolegialnie, na posiedzeniach całej rady podejmowane były tylko najważniejsze decyzje, takie jak na przykład wybór urzędników czy posłów sejmowych, dzierżawa majątku miejskiego, natomiast obowiązkami związanymi z „drobniejszymi” sprawami rajcy dzielili się między sobą. Posiedzenia rady odbywały się przynajmniej raz w tygodniu i miały charakter tajny. Mimo wprowadzonych w XV wieku kar pieniężnych za nieobecność, rada w pełnym składzie spotykała się raczej rzadko. Większą frekwencją cieszyły się jedynie posiedzenia poświęcone dzierżawie majątku miejskiego czy wyborom ważniejszych urzędników: lonerów (zarządców finansami), posłów na sejmy i sejmiki, ławników, pisarzy i syndyków. Absencja sporej części rady mogła spowodować nawet paraliż działalności władzmiejskich. Na podstawie decyzji wojewody krakowskiego obowiązywała zatem od początku XVI stulecia zasada, że uchwały podjęte na posiedzeniu choćby w mniejszości miały być traktowane identycznie jak postanowienia kolegium radzieckiego w pełnym składzie. Decydowanie w sprawach miasta przez nielicznych rajców wywoływało z kolei sprzeciw tych, którzy w posiedzeniach nie uczestniczyli. Z tego powodu w 1543 roku rada podjęła uchwałę zabraniającą burmistrzowi w obecności zaledwie dwóch czy trzech rajców wydawania wyroków w sprawach miasta, sprzecznych z wilkierzami lub przywilejami miejskimi. Nad przestrzeganiem tego, by odroczyć daną uchwałę do czasu zebrania się rady w większościowym składzie, miał czuwać pisarz miejski.
Zwoływanie posiedzeń odbywało się na polecenie burmistrza przez uderzenie w dzwon ratuszny, przez wysyłanie „prokonsul” (ceduł) lub zawiadamianie przez posłańców. Początkowo o posiedzeniu rady powiadamiali zainteresowanych słudzy ra- tuszni, ale w 1541 roku podjęto uchwałę, że rajców winni zwoływać na posiedzenia wyłącznie czterej słudzy burmistrzów, tzw. sagittarii (łucznicy, strzelcy). Ponieważ miasto dzieliło się na cztery kwartały, każdy z nich miał obowiązek zawiadomienia rajców mieszkających w jednym z nich i przekazania odpowiedzi, czy stawią się oni na posiedzenie rady. Wspomniani czterej sagittarii towarzyszyli burmistrzom w czasie wypełniania przez nich czynności urzędowych i mieli podnosić rangę ich władzy w mieście. Burmistrzowie mieli obowiązek bezwarunkowego poruszania się po mieście w towarzystwie jednakowo ubranych na koszt miasta i uzbrojonych strzelców.
Kluczowe znaczenie wśród kompetencji rady miejskiej miało zarządzanie finansami miasta. Nadzór nad kasą Krakowa spoczywał w średniowieczu w rękach trzech rajców, z których każdy posiadał jeden klucz do skarbca miejskiego, co miało zapobiegać nadużyciom. Rajcy ci co roku rozliczali się przed nową radą i przekazywali klucze do skrzyni z pieniędzmi miejskimi trzem zarządcom, wybranym przez kolegium radzieckie ze swojego nowego grona. W kwestii zarządzania miejskimi finansami podejmowano liczne próby reform, ostatecznie w pierwszej połowie XVI wieku ukształtował się system, zgodnie z którym nad finansami miasta pieczę sprawowali dwaj lonerzy. Jeden z nich wywodził się z rady urzędującej, a drugi ze starej. Byli wybierani na roczną kadencję. Do ich kompetencji należało zarządzanie finansami i całym majątkiem gminy, w tym między innymi Wagą Wielką i Wagą Małą, postrzygalniami sukna, kramami bogatymi, cegielnią i kamieniołomem, wsiami miejskimi Dąbie i Grzegórzki, piwnicą świdnicką pod ratuszem, łaźniami i domami. Zbierali dochody miasta i pokrywali jego wydatki zazwyczaj samodzielnie. Jedynie na większe wydatki i inwestycje (jak na przykład wznoszenie nowych budynków czy kosztowne remonty) musieli uzyskać zgodę rady. Wobec licznych obowiązków zarządców finansów miasta, jak i w odpowiedzi na domaganie się przez pospólstwo dopuszczenia jego przedstawicieli do zarządzania publicznymi finansami, rada uchwaliła w 1639 roku powiększenie liczby lonerów do czterech oraz podział ich kompetencji. Dwóch lonerów zajmowało się odtąd finansami personelu magistratu, administrowało dary, zapomogi i czynsze miejskie, zaopatrywało finansowo posłów Krakowa na sejmy i sejmiki oraz dostojników państwowych, natomiast dwóch pozostałych sprawowało pieczę nad sprawami gospodarczymi miasta. Ten stan nie trwałjednak długo, gdyż już w 1653 roku powrócono do dawnego porządku, ograniczając liczbę lonerów do dwóch. Na początku XVIII wieku ponownie zreformowano urząd lonerski — ustanowiono wówczas jednego lonera (rajcę) i dwóch podlonerów wywodzących się z pospólstwa. Warto dodać, że loneria przetrwała do reform z drugiej połowy XVIII stulecia i została zniesiona na mocy decyzji Komisji Dobrego Porządku w 1778 roku.
