Rankiem w dniu wkroczenia do Krakowa wojsk austriackich i objęcia miasta przez władze zaborcze zebrał się Magistrat i wywiesił w Ratuszu portret Najjaśniejszego Cesarza Austrii, zakupiony za 5 złotych reńskich. Portrety obcych władców będą już towarzyszyły krakowskiej władzy miejskiej przez następnych 122 lat, do roku 1918.
Po zajęciu przez Austrię na mocy traktatu rozbiorowego z 1795 roku ziem polskich, w tym Krakowa, w Wiedniu przystąpiła do pracy Komisja Organizacyjna mająca ustalić zasady rządzenia nowo nabytą prowincją. Została ona nazwana Galicją Zachodnią, w odróżnieniu od Galicji Wschodniej, zajętej przez Austrię w wyniku pierwszego rozbioru w 1772 roku. Obie prowincje podlegały Kancelarii Nadwornej Galicyjskiej z siedzibą w Wiedniu (poszczególne kraje monarchii habsburskiej podlegały odrębnym kancelariom). Na czele Galicji Zachodniej stanął pełnomocny komisarz baron Jan Wacław Margelik, radca dworu, zniemczony Czech. Kraków stał się siedzibą władz, „stolicą” nowo utworzonej prowincji - „Królestwa Zachodniej Galicji”. Oficjalna tytulatura miasta brzmiała„Provinzial-Hauptstadt”.
Z początkiem stycznia 1796 roku wraz z władzami wojskowymi przybył do Krakowa radca gubernialny Antoni Baum von Appelshofen, obejmując funkcję cywilnego komisarza miasta, z zadaniem zorganizowania nowych władz miejskich i bieżącego nadzoru nad administracją. W kwietniu tegoż roku zjechał do miasta wspomniany Margelik, celem „urządzania Galicji Zachodniej”, Miesiąc później przybyły w imieniu cesarza książę Karol Auersperg przyjął przysięgę od ludności Krakowa na wierność cesarzowi oraz ceremonialny hołd.
Urządzenie miasta z organami o charakterze samorządowym, pochodzącymi z wyboru, stało w sprzeczności z wdrażaną w cesarstwie austriackim ideą centralizacji władzy w ramach państwa absolutnego, władzy opartej o nominowany aparat urzędniczy. Utworzenie w okresie panowania cesarza Józefa II urzędów dyrekcji policji w większych miastach pozbawiało lokalne władze wpływu na sprawy bezpieczeństwa, co ograniczało znacznie samorząd miejski. Kolejnym krokiem było podporządkowanie miast władzom państwowym przez zasadniczą reorganizację ustroju miejskiego. W Krakowie okres przygotowujący ten zwrot, którego istotą miało być zniesienia samorządu, trwał od wcielenia do cesarstwa w 1796 roku do chwili wprowadzenia nowego zarządu w 1802 roku; reformy realizowano w kilku krokach:
-Dekretem cesarskim z roku 1800 uregulowano sprawę granic Krakowa, przyłączając do miasta Kazimierz, który już na trwałe utracił swoją miejską odrębność. Ograniczono natomiast powierzchnię miasta, nie włączając w granice Krakowa Półwsia Zwierzynieckiego, Łobzowa, Nowej Wsi i Krowodrzy. W tak ukształtowanych granicach wydzielono 4 wydziały: I — Śródmieście z Zamkiem, II -Kleparz i Wesoła, Ill-Piasek z Nowym Światem i Czarną Wsią oraz IV-Kazimierz ze Stradomiem.
-Dekretem cesarskim z 15 października 1801 roku ustanowiono nową strukturę magistratu, znosząc tym samym samorząd miejski. Nowy zarząd miasta, z prezydentem Dominikiem Drdatzkim na czele został uroczyście mianowany i zainstalowany na urzędzie 1 września 1802 roku, Kraków jako jedno z pierwszych miast monarchii otrzymał zarząd miasta pochodzący nie z wyboru, lecz z nominacji, podporządkowany ściśle władzom krajowym - prowincjonalnym (z założenia w tym systemie nominację uzyskiwali urzędnicy drogą konkursu, od kandydatów wymagano ukończenia wyższych studiów prawniczych i biegłości w języku niemieckim, łacińskim i polskim lub innym słowiańskim).
W skład nowego Magistratu Krakowa oprócz prezydenta i wiceprezydenta wchodziło 10 radców, 3 sekretarzy, 3 sędziów gruntowych oraz urzędniczy aparat pomocniczy. Miasto zostało podzielone na wydziały, a w wydziałach obejmujących obszary przyłączone do Krakowa, jak Kazimierz, Kleparz i Garbary, ustanowiono burmistrzów wydziałowych (obwodowych) podporządkowanych Magistratowi. Językiem urzędowym był język niemiecki, na pieczęci Krakowa pojawił się dwugłowy orzeł austriacki. Kompetencje Magistratu były ograniczone do bieżącego administrowana w zakresie poleceń władz państwowych. Dzielił on władzę z wprowadzoną w 1796 roku Dyrekcją Policji. W sprawach takich, jak utrzymanie porządku i „ochędóstwa” dyrekcja ta roztaczała tylko nadzór, „miasto zaś pod dyrekcją rozkazów dopełniało”. W gestii Dyrekcji Policji pozostawały kwestie zapewnienia spokoju politycznego i społecznego w mieście, sprawy cudzoziemców, paszportów, meldunków i szeroko pojętej cenzury, w tym wydawnictw i publicznych prezentacji. Podlegały jej także„sale tańców, fajerwerki, muzyki, fiakry, iluminacje, bruki, mosty, fontanny, studnie, oświecenie, porządki ogniowe, czuwanie nad włóczęgami i kobietami złego życia, dozór nad chorymi, aby do szpitalów byli zaniesionymi, ukaranie występków policyjnych, pilnowanie wykonania wszelkich praw i rozporządzeń rządowych”. Ukazuje to dualizm władzy wykonawczej w mieście.
Namiastką współudziału obywateli w sprawach miasta był Wydział Miejski złożony z 40 członków pochodzących z wyborów dokonywanych w 4 wydziałach jako jednostkach podziału terytorialnego miasta. Wydział Miejski był ciałem doradczym działającym przede wszystkim w sprawach ekonomicznych, w tym w zakresie kontroli dostaw do miasta i przedkładania potrzeb (kontrola dochodów i wydatków miasta należała do rządowej buchalterii, którą wykonywał tzw.„kalkulator miejski”). Pierwsze wybory do Wydziału Miejskiego odbyły się w 1803 roku.
W roku 1803 połączono Galicję Zachodnią i Wschodnią w jedną jednostkę terytorialną w ramach Królestwa Galicji i Lodomerii, w skrócie „Galicji”, której stolicą został Lwów. Kraków stracił więc status „stolicy” prowincjonalnej (ale specjalnym dekretem Kancelarii Nadwornej w 1804 roku uzyskał prawo utrzymania tytułu „stolicy” w znaczeniu historycznym). Na szczeblu prowincji urzędował powoływany przez cesarza i reprezentujący go gubernator wraz z Gubernium. Bezpośrednio prowincja podlegała Zjednoczonej Kancelarii Nadwornej Czesko-Austriackiej, która wchłonęła dotychczasową Kancelarię Nadworną Galicyjską. Prowincje—gubernie podzielone były na cyrkuły Z urzędami cyrkularnymi i starostami obwodowymi na czele.Galicja liczyła 24 cyrkuły, w tym krakowski, któremu podlegała magistracka władza Krakowa.
W Europie zmagały się mocarstwa, toczone jedna za drugą wojny pociągały ustawiczne zmiany na mapie politycznej. Sukcesy armii napoleońskiej doprowadziły do utworzenia na mocy traktatów pokojowych zawartych 7 i 9 lipca 1807 roku w Tylży przez Cesarstwo Francuskie z Imperium Rosyjskim i Królestwem Prus nowego organizmu państwowego — Księstwa Warszawskiego, namiastki państwa polskiego. Rozpoczęta wiosną 1809 roku nowa wojna Napoleona z Austrią początkowo zagroziła bytowi nowego Księstwa, lecz w wyniku kontrofensywy wojsk polskich wspieranych przez Sasów i zwycięstwa Napoleona pod Wagram doprowadziła do wyparcia Austriaków z Galicji Zachodniej.
15 lipca 1809 roku do Krakowa wjechał na czele polskich wojsk książę Józef Poniatowski, wyzwalając i obejmując miasto w imieniu Napoleona.
