Niespełna 20-miesięczna okupacja Krakowa przez Prusaków, od wkroczenia wojsk do miasta 15 czerwca 1794 roku do ich wyjścia 4 stycznia 1796 roku, naznaczona była ogólnym przygnębieniem wywoływanym wiadomościami z powstańczego frontu, szczególnie po klęsce maciejowickiej i ostatecznym upadku powstania. Dominowała niepewność co do dalszych losów miasta, które stało się przedmiotem przetargu między mocarstwami pertraktującymi w sprawie kształtu ostatecznego rozbioru Rzeczypospolitej.
Z chwilą objęcia miasta przez Prusaków przestała istnieć organizacja i władza krakowskiego Magistratu ustanowionego przez Naczelnika Kościuszkę na podstawie ustaw z 1791 roku. Już w dniu podpisania kapitulacji miasta dowodzący wojskami generał Carl Friedrich von Elsner zarządził restytuowanie władz miejskich sprzed insurekcji, co oznaczało przywrócenie stanu wprowadzonego w 1793 na mocy ustawy Sejmu grodzieńskiego „Miasta wolne Rzeczypospolitej”. Ustawa ta zaliczała wszystkie miasta oprócz prywatnych-dziedzicznych do miast wolnych, dzieląc je na trzy klasy; Kraków zaliczony został do klasy pierwszej, obejmującej miasta „główne”. Stąd też jego oficjalna tytulatura brzmiała: „Główne i Wydziałowe Wolne Miasto Rzeczypospolitej Kraków”.
Miasto podzielone było wewnętrznie na 3 wydziały, obejmujące: Kraków w obrębie murów, Kleparz oraz Garbary z przedmieściami. Stanowiły one zarazem okręgi wyborcze. Posesjonaci 3 wydziałów zebrani razem wybierać mieli elektorów - 5 mieszczan zwanych „gminnymi”. Gminni, zebrawszy się na Ratuszu, dokonywali wyboru 12 ławników (po 4 z każdego wydziału) i wspólnie już z nimi wybierali 12 radców i wójta, a spośród radców prezydenta miasta. Były zatem przewidziane 3 urzędy miejskie: Magistrat złożony z prezydenta, 11 radców i wójta, ława złożona z 12 ławników oraz gminni w liczbie 5 mieszczan, umocowani jako reprezentanci wszystkich obywateli miejskich. Urzędy te nazywano „trzema porządkami”;zgromadzone razem dokonywały wyboru 3 burmistrzów wydziałowych stojących na czele administracji najniższego szczebla, ustanowionej w wydziałach, na które terytorialnie dzieliło się miasto. W strukturze tej dwa „porządki”: gminni oraz ława, stanowiły swego rodzaju nieformalną „radę miejską” z kompetencjami uchwałodawczo-sądowymi. Natomiast „porządek” który stanowił Magistrat z prezydentem i radcami, był władzą wykonawczą, co do zasady jednak niepodporządkowaną dwóm pierwszym„porządkom”. W sytuacjach spornych między tymi władzami rozstrzygać miało Zgromadzenie Porządków. Kadencja władz miejskich określona została na 4 lata.
Ten mechanizm władzy miejskiej nie zdążył w Krakowie w pełni zaistnieć. Z wejściem Prusaków do Krakowa przywrócono dawną, przedinsurekcyjną Radę Miejską. Prezydentem powinien był zostać ponownie Filip Lichocki, jednak wobec jego nieobecności w mieście (w trudnych politycznie czasach „pojechał leczyć się u wód” w Karlsbadzie) mianowano prezydentem wspomnianego już kilkakrotnie Macieja Baiera. Przekazał on urząd prezydencki Lichockiemu 5 października 1795 roku, po jego powrocie do Krakowa.
Władza ta działała w stanie okupagi Krakowa, pod zwierzchnością wyposażonego w najwyższą władzę cywilną nad miastem pełnomocnego komisarza króla pruskiego barona Ludwika Antoniego von Hoyma oraz czuwającego nad realizacją rozporządzeń komisarycznych komendanta wojskowego generała Leopolda von Rütsa.
Próby wprowadzenia w Krakowie struktury władz miejskich przewidzianej ustawą Sejmu grodzieńskiego przerwały dalsze wydarzenia - 24 października 1795 roku monarchowie Rosji, Prus i Austrii uzgodnili traktat, zgodnie z którym dokonał się trzeci, pełny rozbiór Rzeczypospolitej. Austria zaanektowała między innymi resztę Małopolski z Krakowem. 5 stycznia 1796 roku do miasta wkroczyły wojska austriackie pod dowództwem generała de Foullon. Kraków znalazł się w monarchii habsburskiej.
