Powstałe w 1807 roku Księstwo Warszawskie było tworem państwowym na poły suwerennym, utworzonym z ziem byłego II i III zaboru pruskiego (bez Gdańska i obwodu białostockiego) i poddanym władzy króla Królestwa Saksonii, przybierającego tym samym tytuł księcia warszawskiego. Poprzez przynależność Królestwa Saksonii do Związku Reńskiego będącego protektoratem Napoleona, Księstwo Warszawskie znalazło się w systemie politycznym Cesarstwa Francuskiego.
Wyparcie Austriaków w 1807 roku z Galicji Zachodniej przypieczętowane zostało traktatem kończącym wojnę francusko-austriacką, zawartym 14 października tegoż roku w Schónbrunn koło Wiednia, mocą którego obszar III i skrawek I zaboru austriackiego, zatem i Kraków, znalazły się w granicach Księstwa Warszawskiego. Księstwo podzielone było terytorialnie na 6 departamentów, w wyniku powiększenia granic w 1809 roku rozrosło się o kolejne 4 departamenty, w tym krakowski.
Formalne przyłączenie Krakowa do Księstwa Warszawskiego nastąpiło 14 stycznia 1810 roku przez odebranie przez specjalnych komisarzy przysięgi wierności władz miejskich Fryderykowi Augustowi, królowi saskiemu i księciu warszawskiemu. Miasto uzyskało nową tytulaturę: „Wolne Handlowe Miasto Kraków”, co wyrażało uzyskany status miasta wolnohandlowego. Obszar Krakowa powiększył się o przyłączone miasto Podgórze, w związku z czym zreorganizowano wewnętrzny podział administracyjny, wydzielając w miejsce dotychczasowych 4 wydziałów nowe jednostki gminy: I-Sródmieście, II-Kazimierz, Stradom i część ul. Grodzkiej, III-Kleparz, Piasek i Czarna Wieś, IV-Podgórze. Odpowiadało to podziałowi politycznemu na 4 Zgromadzenia Gminne, utworzone dla celów wyborczych.
Ustanowione w 1802 roku przez Austriaków władze miejskie z mianowanym od 1805 roku p.o. prezydentem Józefem Gollmayerem działały nadal, jednak pod nadzorem mianowanego przez księcia Józefa Poniatowskiego komendanta wojskowego miasta z kompetencjami cywilnymi w osobie generała wojsk polskich Michała Sokolnickiego. Urządzenie nowych władz miejskich powierzono Henrykowi Ludwikowi Lubomirskiemujako prezesowi Urzędu Administracyjnego Cyrkułu Krakowskiego, od czerwca 1810 roku prefektowi Departamentu Krakowskiego. Od września tego roku czynności te kontynuował jego następca, hrabia Stanisław Wodzicki, późniejszy prezes Senatu Rządzącego Wolnego Miasta Krakowa.
Kwestie ustrojowe w Księstwie Warszawskim z punktu widzenia pozycji i organizacji miast regulowały przede wszystkim: Konstytucja Księstwa Warszawskiego podpisana przez Napoleona w Dreźnie 22 lipca 1807 roku, dekret dotyczący organizacji władz administracyjnych w departamentach i powiatach z 7 lutego 1809 roku, dekret dotyczący tymczasowej organizacji gmin miejskich i wiejskich z 23 lutego 1809 roku oraz dekret z 24 lutego 1810 roku o włączeniu i organizacji 4 nowych departamentów Księstwa Warszawskiego.
Zgodnie zatem z przyjętym w tych regulacjach modelem administracji zawierającym reformatorskie pierwiastki francuskiej ideologii zrodzonej w dobie Wielkiej Rewolucji Francuskiej (między innymi prymat ustawy, rozdział władz, publicznoprawna ochrona praw jednostki), Księstwo Warszawskie pozostawało pod zwierzchnimi rządami króla saskiego, działającego wespół z ministrami, Radą Ministrów i Radą Stanu. Na szczeblu naczelnym funkcjonował także dwuizbowy Sejm złożony z Senatu i Izby Poselskiej (wyjątkowo zachowano tu tradycyjne, polskie nazewnictwo), jednak ustrojowo przewagę miała władza wykonawcza z królewsko- książęcym suwerenem na czele, sprawującym „rząd” przy pomocy pozostałych centralnych organów wykonawczych. Księstwo podzielone było na departamenty z prefektami podległymi służbowo ministrowi spraw wewnętrznych oraz powiaty z podprefektami podległymi prefektom. Prefektów i podprefektów powoływał król. W departamentach i powiatach utworzono rady o charakterze samorządowym - odpowiednio rady departamentowe i rady powiatowe, obradujące raz do roku, głównie w sprawach rozkładu ciężarów publicznych uchwalonych przez instancje wyższe. Najniższą jednostką w administracji była tzw.„municypalność” (z łacińskiego: municipium, miasto samorządne), którą stanowiła gmina obejmująca jedną lub kilka miejscowości. Charakter miasta municypalnego Kraków uzyskał w 1812 roku (stanowiąc tym samym jedną z 7 tego rodzaju jednostek w całym Księstwie).
W miastach municypalnych powoływano prezydentów municypalnych mianowanych przez króla, podległych prefektowi. Sprawowali oni na swoim terenie „całość miejscowej administracji”. Mieli przydanych do pomocy zawodowych ławników mianowanych przez ministra spraw wewnętrznych, w liczbie od 2 do 5, oraz intendentów policji, jak też personel kancelaryjno-urzędniczy. Organami samorządowymi były rady municypalne w 30-osobowym składzie, powoływane przez króla spośród podwójnej liczby kandydatów przedstawianych przez zgromadzenia gminne (rada była odnawiana w połowie składu co 2 lata). Zajmowały się kwestiami majątku i infrastruktury miejskiej. Mogły wyrażać opinie o miejscowej administracji i składać zażalenia do prefekta. Dokonywały także rozdziału obciążeń publicznych przypadających na miasto. Rada wybierała ze swego grona przewodniczącego rady dla organizacji jej prac, natomiast organem wykonawczym rady był prezydent municypalny. Prawa polityczne obywatele realizowali poprzez zgromadzenia gminne, które miały kompetencje wyłącznie w kwestii wyboru deputatów do Izby Poselskiej oraz kandydatów do rad municypalnych. Zgromadzeniu przewodniczył obywatel mianowany przez króla. Językiem urzędowym był język polski. W Księstwie obowiązywało nowe ustawodawstwo cywilne francuskie, z kodeksem Napoleona z 1804 roku na czele, a także francuskie ustawy karne i kodeks handlowy.
W Krakowie pierwszy prezydent municypalny mianowany został 1 grudnia 1810 roku w osobie Stanisława Kostki Zarzeckiego. Pierwsze posiedzenie Rady Municypalnej odbyło się 13 kwietnia 1812 roku.
Kolejny raz nowo wprowadzony ustrój władz miejskich nie miał szans na stabilizację. 1 lipca 1812 roku ogłoszono w Krakowie manifest Napoleona o wojnie z Rosją, nadeszły wiadomości o zawiązaniu w Warszawie konfederacji generalnej i ogłoszeniu powstania Królestwa Polskiego. Niebawem już, po odwrocie armii napoleońskiej z Moskwy i klęsce pod Berezyną, w styczniu 1813 roku do Księstwa wkroczyły wojska cara Aleksandra I. Do Krakowa ewakuowały się najwyższe władze: Rada Ministrów i Rada Generalna Konfederacji Królestwa Polskiego, W kwietniu 1813 roku Kraków opuściły wojska saskie i polskie, na koniec sprzymierzone austriackie, a w maju tegoż roku do miasta wkroczyły wojska carskie. Nastąpił okres dwuletnich „rządów rosyjskich”.
W Warszawie car Aleksander I ustanowił w miejsce Rady Ministrów nowy rząd, Radę Najwyższą Tymczasową, z generałem rosyjskim Wasylem Łanskojem jako generał-gubernatorem Księstwa Warszawskiego na czele, jednak władza lokalna działała w dawnej strukturze i składzie, jedynie z przydanymi okręgowymi naczelnikami okupacyjnymi. Zatem urząd prefekta Departamentu Krakowskiego sprawował nadal Stanisław Wodzicki, okręgowym komisarzem rosyjskim został radca stanu Awerin, natomiast w Krakowie funkcjonowała dotychczasowa municypalność, z prezydentem municypalnym Stanisławem Kostką Zarzeckim i jego zastępcą Walentym Bartschem na czele.
Niebawem wyjaśnił się dalszy los Krakowa, Po abdykacji Napoleona i zawarciu z końcem maja 1814 roku w Paryżu pokoju z Francją, zwołano we wrześniu tegoż roku do Wiednia kongres pokojowy z udziałem przedstawicieli 16 państw, który miał zadecydować o przyszłym kształcie politycznym Europy i miejscu w niej ziem polskich. Toczono ostre spory o przyszłość ziem Księstwa Warszawskiego, a w jego ramach Krakowa.
W rezultacie jako wyraz politycznego kompromisu miedzy Austrią, Rosją i Prusami powołano do życia — pod opieką trzech mocarstw — „wolne, niepodległe, ściśle neutralne miasto Kraków z okręgiem”. Zgodnie z propozycją rosyjską, obszar ten miał otrzymać status podobny do tego, jakim rządziły się miasta hanzeatyckie. Można szukać dla powstałej formy państwowości analogii z konstrukcjami państwowymi protektoratu lub kondominium, lepiej jednak uznać, że utworzono sui generis państwo-miasto o ograniczonej suwerenności. Jego status formalnie określony został w tzw. traktacie dodatkowym dotyczącym Krakowa, zawartym przez trzy mocarstwa w Wiedniu 3 maja 1815 roku. Narodziło się Wolne, Niepodległe i Ściśle Neutralne Miasto Kraków z Jego Okręgiem, zwane też Rzecząpospolitą Krakowską.
