W 1772 roku mocarstwa Austria, Prusy i Rosja podpisały w Petersburgu traktat rozbiorowy, we wrześniu 1773 roku akt rozbioru (pierwszego) zatwierdził Sejm rozbiorowy zwołany przez zaborców. Austria otrzymała całą południowa Polskę po Zbrucz ze Lwowem, jednak bez Krakowa. Rzeczpospolita chyliła się ku upadkowi.
W październiku 1788 roku zebrał się w Warszawie sejm, który przeszedł do historii pod nazwą Sejmu Czteroletniego lub Wielkiego. Podjął dzieło zasadniczych reform społecznych i ustrojowych - dla ratowania państwa. Wśród pierwszoplanowych kwestii znalazła się sprawa miast królewskich, którą podjęto przy udziale ich przedstawicieli. Kraków stanął przed próbą dojrzałości politycznej i wyjścia poza partykularne interesy miasta, a przede wszystkim sprawującego władzę patrycjatu. Najkrócej ujmując, władze miejskie nie sprostały temu zadaniu. Inicjatywa działania narzecz mieszczaństwa znalazła się w rękach przedstawicieli innych miast, z prezydentem Starej Warszawy Janem Dekertem na czele.
Kraków nie poparł idei zmian ustrojowych w miastach, opowiadał się za utrzymaniem dotychczasowych przywilejów i podjęciem doraźnych kroków wspierających miasto ekonomicznie. Nie wziął udziału w zjeździe miast polskich, na którym w październiku 1789 roku zawarto akt zjednoczenia miast. W efekcie na sejmowej sesji poświęconej miastom w grudniu 1789 roku prezentowane były dwa oddzielne projekty miejskie: memoriał zjednoczonych miast pod przewodnictwem Warszawy oraz memoriał Krakowa, ten ostatni sformułowany w duchu zachowawczym i oportunistycznym. Ostatecznie w połowie 1790 roku, gdy stało się już oczywiste, że nie można oddzielić partykularnych interesów Krakowa od wspólnych postulatów mieszczaństwa polskiego, przedstawiciel Krakowa Jan Nepomucen Kaspari podpisał przystąpienie do wspomnianego zjednoczenia miast.
Przełomowa reforma ustroju miast dokonała się wiosną 1791 roku. Sejm uchwalił dwie doniosłe ustawy: 18 kwietnia „Miasta nasze królewskie wolne w państwach Rzeczypospolitej” (włączoną następnie do majowej ustawy konstytucyjnej) oraz Tl czerwca ustawę wykonawczą „Urządzenie wewnętrzne miast wolnych Rzeczypospolitej w Koronie i Wielkim Księstwie Litewskim”. Tym samym dla Krakowa została zamknięta trwająca 480 lat epoka funkcjonowania miasta pod rządami prawa magdeburskiego, dającego prymat radzie miasta1 rajcom pełniącym „każdy w swoim czasie i kolejności” funkcję burmistrzów (tj. od czasów reform po buncie wójta Alberta). Wprowadzono nowoczesne regulacje ustrojowe, pozwalające dostrzec początki procesu upodmiotowienia mieszkańców-obywateli. Z przyjętego modelu ustrojowego zaczął wyłaniać się monteskiuszowski trójpodział władz, a w tych ramach wyraźne wyodrębnienie władzy wykonawczej i sądowniczej oraz inne rozumienie instytucji urzędu i urzędnika publicznego (zerwanie z dożywotnością, próby wprowadzenia wybieralności).
W wyniku reformy Kraków stał się jednym z 21 miast wydziałowych, tzn. został siedzibą sądu apelacyjnego dla miast leżących w obrębie jednostki podziału terytorialnego Rzeczypospolitej zwanej „wydziałem”, obejmującej województwo krakowskie i znaczną część sandomierskiego. Krakowski zespół miejski miał się stać jednolitym miastem złożonym z trzech części obejmujących dawne miasta satelitarne, przedmieścia i jurydyki. Zasadą przynależności do miasta było przyjęcie „prawa miejskiego”, tj. złożenie w magistracie oświadczenia wierności królowi i Rzeczypospolitej, posłuszeństwa prawom Sejmu i zwierzchności miasta. Obywatelami miasta mogły być osoby „bądź szlacheckiego, bądź miejskiego urodzenia”, a także „uczciwi cudzoziemcy, rzemieślnicy i ludzie wolni i z prawa nikomu niepodlegli, ale tylko chrześcijanie”. Czynne i bierne prawa wyborcze do wszelkich urzędów miejskich przysługiwały tylko obywatelom będącym właścicielami dziedzicznych posesji.
Miasto podzielone było na cyrkuły. Był to podział administracyjny, ale jednocześnie polityczny: obywatele-posesjonaci zamieszkali w cyrkule co 2 lata na „elekcji miejscowej szczególnej” wybierali władze cyrkułowe (wójta i ławników cyrkułowych oraz władze sądowe), jak też przedstawicieli cyrkułu do „zgromadzenia miejscowego ogólnego” oraz „zgromadzenia wydziałowego”. To ostatnie wybierało z kolei władze miasta: prezydenta, wiceprezydenta, 8 radnych i kasjera. Gremium to (z wyłączeniem kasjera, który był oficjalistą, czyli urzędnikiem) stanowiło Magistrat Ogólny Miasta Wolnego Stołecznego i Wydziałowego Krakowa. Z kolei Magistrat Ogólny mianował oficjalistów, którzy wraz z kasjerem tworzyli urząd pomocniczy przy Magistracie.
Do ważniejszych zadań Magistratu Ogólnego działającego pod przewodnictwem prezydenta należało: wybór urzędników i sług miejskich, przestrzeganie całości praw miasta oraz gospodarki funduszami, rozkładanie podatków uchwalanych przez Sejm i składek uchwalonych przez„lud miejski” (por. niżej), reprezentacja miasta i zwierzchność nad urzędami cyrkułowymi złożonymi z wójtów i ławników. Magistrat Ogólny był także„sądem magistratu miejskiego”, z kompetencjami z zakresu spraw związanych z oficjalistami i innymi osobami magistrackimi.
Wspomniano, że podczas wyborów cyrkularnych wybierano przedstawicieli do „zgromadzenia miejscowego ogólnego” - było to 60-osobowe gremium stanowiące swojego rodzaju przedstawicielstwo miejskie (zwane „zgromadzeniem ludowym” lub „ludem miejskim”) zwoływane przez Magistrat Ogólny przede wszystkim dla uchwalenia nowych opłat miejskich. To przedstawicielstwo dalekie jeszcze było od autonomicznej rady miejskiej, między innymi nie mogło stawiać i uchwalać własnych wniosków, lecz tylko wypowiadać się co do propozycji Magistratu, ale stanowiło obligatoryjny element przedstawicielski w strukturze władz miasta.
Władze miejskie podporządkowane były w różnych zakresach powiatowym i wojewódzkim komisjom porządkowym cywilno-wojskowym, w tych ramach bezpośredni nadzór nad miastami sprawowały komisje policji (pojęcie „policja” należy tu rozumieć jako „administrowanie”). Komisje terenowe podlegały odpowiednio komisjom rządowym „obojga narodów”, z główną rolą w odniesieniu do miast komisji policji, w składzie której oprócz 9 komisarzy szlacheckich znajdowało się 6 plenipotentów miast królewskich. Przedstawicielami komisji policji w terenie byli intendenci policji ulokowani w „wydziałach policyjnych”, zwanych też „intendencjami” (obie prowincje Rzeczypospolitej podzielono na wydziały, po 8 dla Korony i Wielkiego Księstwa Litewskiego). Intendenci policji wyposażeni byli w kompetencje nadzorcze i kontrolne wobec terenowych komisji porządkowych oraz magistratów miast wolnych (królewskich). Na czele tak skonstruowanego aparatu wykonawczego stała Straż Praw - rząd z królem na czele.
Nie dane było jednak poddać nowych rozwiązań ustrojowych Rzeczypospolitej i Krakowa praktycznej weryfikacji. Dalsze wydarzenia przekreśliły nadzieje na wdrożenie reform. I tak w skali Krakowa:
-W marcu 1792 roku podzielono Kraków na 4 cyrkuły: Cyrkuł I Krakowski obejmujący miasto Kraków z Zamkiem, Cyrkuł II Kazimierski obejmujący miasto Kazimierz, Stradom i siedliska żydowskie, Cyrkuł III Garbarski obejmujący jurydyki i przedmieścia: Garbary, Piasek, Biskupie, Retoryka, Smoleńsk, Zwierzyniec, Wygoda, Groble, Podzamcze, Czarna Wieś, Nowa Wieś i Łobzów, oraz Cyrkuł IV Kleparski obejmujący miasto Kleparz z jurydykami: Błonie, Pędzichów, Szlak, Wesoła, Lubicz, Brzeg i wieś Krowodrza. Z początkiem kwietnia tego roku przeprowadzono wybory cyrkułowe, a w połowie tego miesiąca wybory władz ogólnych miasta. Pierwszym prezydentem Krakowa wybranym po zmianie systemu ustrojowego trwającego przez wieki, prezydentem już w rozumieniu wydzielonego organu wykonawczego, został margrabia Franciszek Wielopolski.Wybrano także wiceprezydenta w osobie Michała Wohlmana, rajcę jeszcze od 1747 roku (czyli pod rządami prawa magdeburskiego), wielokrotnego burmistrza, oraz 8 radnych, wśród nich także posiadających staż rajcowski w poprzedniej radzie. Po przejęciu 16 marca 1792 roku insygniów władzy od starej rady reprezentowanej przez Macieja Baiera, rajcę od 1764 roku i wielokrotnego burmistrza, nowy magistrat rozpoczął intensywną działalność. Na codziennych posiedzeniach pod przewodnictwem zwykle wiceprezydenta podejmowano kolegialne decyzje nie tylko w węzłowych kwestiach, lecz nawet w sprawach drobiazgowych.
-Zwycięstwo Targowicy poskutkowało anulowaniem uchwał Sejmu Czteroletniego. Po wkroczeniu do Krakowa garnizonu wojsk rosyjskich Magistrat po raz ostatni zebrał się 11 września 1792 roku, następnego dnia restytuowane zostały dawne władze sprzed Konstytucji 3 maja, z burmistrzem Maciejem Baierem na czele. Złożono przysięgę wierności przepisaną przez „Najjaśniejszą Konfederację Targowicką”. Zgodnie Z ponownie obowiązującymi regułami prawa magdeburskiego 13 stycznia kolejnego roku dokonano wyboru nowej rady urzędującej, z Janem Wawrzyńcem Laskiewiczem, starszym rady - od 1744 roku w radzie miejskiej - na czele.
-Dokonany na początku 1793 roku drugi rozbiór, bez udziału Austrii, co przedłużyło niepodległy byt Krakowa w ramach Rzeczypospolitej, przypieczętowany został postanowieniami Sejmu grodzieńskiego. Obalono Konstytucję 3 maja, przywrócono — z modyfikacjami — system rządów ukształtowany w latach siedemdziesiątych XVIII wieku. Centralna władza wykonawcza ponownie spoczęła w rękach Rady Nieustającej z królem na czele, ale przy udziale rzeczywistego rządcy, którym stał się ambasador Rosji - „major domus”. Administrację ogólną i nadzór nad miastami sprawował Departament Policji, działający przez komisje policji oraz komisje wojewódzkie (Koronę podzielono na 10 województw, w każdym po 3 ziemie) i powiatowe.
Ustrój ten regulowała między innymi ustawa Z listopada 1793 roku „Miasta wolne Rzeczypospolitej”. Na jej podstawie Kraków stał się jednym Z 10 tzw. miast głównych, pozostały w jego obrębie cyrkuły garbarski i kleparski, zwane teraz „wydziałami”, jednak zlikwidowano cyrkuł kazimierski - Kazimierz odzyskał miejską samodzielność. Po złożeniu w lutym 1794 roku przez mieszczaństwo krakowskie przysięgi na wierność konstytucji grodzieńskiej, 4 marca tegoż roku dokonano wyboru nowych władz miejskich, wśród nich prezydenta Filipa Nereusza Lichockiego, 10 rajców-radnych, w większości zasiadających jeszcze w radzie sprzed 3 maja 1791 roku i w radzie bezpośrednio „potargowickiej”, oraz wójta Michała Wohlmana. Kadencja tych władz została określona na 4 lata.
-Wiosną 1794 roku wybuchło powstanie — ostatnia próba ratowania niezawisłości państwa. Na jego czele stał Tadeusz Kościuszko jako Naczelnik Siły Zbrojnej Narodowej, z faktyczną władzą dyktatorską, realizowaną bez detronizacji króla, lecz w warunkach jego odsunięcia od władzy. Akt powstania zaprzysiężony 24 marca tegoż roku na krakowskim Rynku powoływał do życia konfederację całego narodu do walki o niepodległość i powierzał Naczelnikowi pełnię władzy wojskowej i cywilnej, w tym wykonawczej i sądowniczej, wyposażając go w prawo wydawania norm w postaci uniwersałów. Nie rozstrzygnięto kwestii obowiązywania Konstytucji 3 maja 1791 roku. W myśl uniwersałów Naczelnika, w tym wydanego w Połańcu 10 maja 1794 roku, naczelna władza administracyjno-rządowa spoczęła w gestii Rady Zastępczej Tymczasowej (od końca maja 1794 Rady Najwyższej Narodowej), dzielącej się na 8 wydziałów i działającej pod przewodnictwem Naczelnika. Administracja terenowa powierzona została komisjom porządkowym wywodzącym sięZ odpowiednich instytucji powołanych przez Sejm Czteroletni, a następnie konstytucję Sejmu grodzieńskiego. W warunkach powstańczych podzielono je na wyspecjalizowane resortowo wydziały, odpowiadające wydziałom Rady Najwyższej, Z wyłączeniem spraw zagranicznych; w skład komisji weszli komisarze odpowiedzialni politycznie i prawnie za ich działalność.
W Krakowie, sercu powstania, znalazły siedzibę jego władze naczelne, ze sztabem Naczelnika w Szarej Kamienicy przy Rynku (obecnie nr 6), oraz terenowe w postaci ustanowionej w 16-osobowym składzie krakowskiej Wojewódzkiej Komisji Porządkowej, ulokowanej w nieistniejącej już kamienicy Pod Wagą, w pobliżu kościoła św. Wojciecha. Kwestię władzy lokalnej w Krakowie uregulował Naczelnik rozkazem z 24 kwietnia 1794 roku, przywracającym do urzędowania radę wybraną na mocy Konstytucji 3 maja, z korektami personalnymi (3 dni później usunięty z niej został Filip Lichocki - prezydent z nadania targowiczan). Prezydent Franciszek Wielopolski przyjął przywrócony mu urząd, jednak faktycznie go nie objął; obowiązki prezydenta pełnił Michał Wohlman, wiceprezydent.
Działający w warunkach powstańczych Magistrat zależny był od Wojewódzkiej Komisji Porządkowej, lecz na bieg spraw w Krakowie miał wpływ także komendant wojskowy miasta oraz wyposażony w specjalne pełnomocnictwa Naczelnika członek Rady Najwyższej Hugo Kołłątaj, majoryzujący władze nominalne. Nowe-stare władze pracowały energicznie, zbierając się dwa razy dziennie dla zabezpieczenia aprowizacji, ochrony sanitarnej, opatrzenia murów miejskich, ale i organizacji patriotycznych uroczystości, na przykład na wieść o wybuchu powstania w Warszawie oraz w 3. rocznicę uchwalenia Konstytucji 3 maja. W tym też czasie zdążono jeszcze dokonać wyborów władz cyrkułowych, po uprzednim ponownym włączeniu Kazimierza w obręb miasta i przywróceniu cyrkułu czwartego, kazimierskiego.
-Klęska powstańców 6 czerwca 1794 roku w bitwie pod Szczekocinami, odcięcie części ziem polskich z Krakowem od głównych sił powstańczych, w końcu podejście wojsk austriackich i pruskich pod przygotowane do obrony — lecz nie na miarę zagrożenia - miasto, spowodowały decyzję o kapitulacji. Akt poddania miasta wojskom pruskim 15 czerwca 1794 roku podpisali świeżo mianowany komendant wojskowy podpułkownik Jan Kalk oraz delegaci Magistratu z wiceprezydentem Michałem Wohlmanem na czele.
Wkroczenie wojsk pruskich do Krakowa wyłączyło miasto z dalszego udziału w powstańczych zmaganiach Kościuszki, jednocześnie zamknęło dramatyczny okres udziału miasta w próbach reform ustrojowych zapoczątkowanych Sejmem Czteroletnim - okres, w którym chwałę miastu przyniósł jedynie czas insurekcji w chwilach jej wybuchu i świetności. Nadszedł czas epizodycznej okupacji pruskiej, a następnie długotrwałej niepodległości.
