Porozumienia osiągnięte w ramach zainaugurowanych w lutym 1989 roku dwumiesięcznych obrad Okrągłego Stołu, prowadzonych między stroną „koalicyjno-rządową”, reprezentującą władze partyjno-państwowe, a stroną „solidarnościową”, reprezentującą opozycję z NSZZ „Solidarność” i wyłoniony w jego ramach Komitet Obywatelski działający przy Lechu Wałęsie oraz przy udziale kościelnych obserwatorów, otwarły proces transformacji ustrojowej w skali państwa. Jego wyjściowym aktem była dokonana w kwietniu tegoż roku nowelizacja ustawy konstytucyjnej z 1952 roku. Nowelą tą zdemokratyzowano system polityczny, opierając go po raz pierwszy na zasadzie pluralizmu politycznego, zreformowano w tym duchu prawo wyborcze i wzmocniono pozycję Sejmu. Przywrócono również Senat jako drugą izbę parlamentu i urząd prezydenta w kształcie odpowiadającym systemowi parlamentarno-gabinetowemu.
Jako symboliczny moment przełomu między epoką Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej a czasami III Rzeczypospolitej przyjmuje się pierwsze wolne, choć jeszcze nie w pełni, wybory do Sejmu X kadencji i Senatu I kadencji (izbę wyższą przywrócono w kwietniu 1989 roku), które odbyły się 4 czerwca 1989 roku (wybory uzupełniające 18 czerwca). Jak w całej Polsce, tak i w Krakowie oznaczały one zwycięstwo kandydatów wystawionych do Sejmu i Senatu przez Małopolski Komitet Obywatelski „Solidarność”.
Nowo wybrany Sejm, zwany „sejmem kontraktowym”, kolejną nowelizacją ustawy konstytucyjnej z 1952 roku, dokonaną w grudniu 1989 roku, przywrócił nazwę państwa„Rzeczpospolita Polska”, określając jako suwerena „naród”, rozumiany w kategoriach politycznych jako wspólnota wszystkich obywateli - znalazło to wyraz na szczeblu lokalnym w uchwalonych później ustawach samorządowych. Nowela grudniowa przyjęła zasadę równouprawnienia wszystkich form własności, dając tym samym podstawę do budowy gospodarki rynkowej.
Władze miejskie w Krakowie i w innych miastach działały wówczas jeszcze na zasadach z poprzedniej formacji ustrojowej. Funkcjonowała Rada Narodowa Miasta Krakowa, pochodząca z wyborów w 1988 roku, i prezydent Tadeusz Salwa, sprawujący urząd od roku 1982. W wyniku żądań Krakowskiego Komitetu Obywatelskiego (KKO), popieranych ulicznymi manifestacjami, między innymi 13 grudnia 1989 roku, urzędujący prezydent złożył w styczniu 1990 roku rezygnację. Radni pochodzący, jak to określano, „ze starego portfela”, nie wybrali jednak kandydata proponowanego przez KKO, lecz Jerzego Rościszewskiego, dawnego radnego wojewódzkiego wspieranego przez dotychczasowe siły polityczne. Oznaczało to, że rzeczywiste zmiany we władzach miasta mogą nastąpić po demokratycznych wyborach do rady miejskiej.
Podstawy ku temu dała ustawa z 8 marca 1990 roku o samorządzie terytorialnym (nowelą z 1998 roku nazwana ustawą o samorządzie gminnym). Ustawa ta zlikwidowała system jednolitych organów administracji terenowej, przywracając po 40 latach wspólnotę samorządową z jej organami — w przypadku miast liczących powyżej 100 000 mieszkańców radami miejskimi jako organami uchwałodawczymi gminy pochodzącymi z wyborów powszechnych oraz wybieranymi przez te rady zarządami miast i prezydentami, działającymi jako organy wykonawcze gminy.
Kraków uzyskał status gminy (od 1975 roku był województwem miejskim), na którą składała się wspólnota samorządowa, czyli ogół mieszkańców miasta, oraz terytorium miasta. Jak każda gmina, Z mocy ustawy uzyskał osobowość prawną i prawne gwarancje samodzielności - przy uwzględnieniu kompetencji prezesa rady ministrów i wojewody w zakresie nadzoru nad legalnością działania (oraz Regionalnej Izby Obrachunkowej w zakresie gospodarki finansowej).
Opierając się na uchwalonej we wspomnianym pakiecie ustaw samorządowych ordynacji wyborczej do rad gmin, przeprowadzono 27 maja 1990 roku wybory do rady miejskiej - były to pierwsze od czasów powojennych w pełni demokratyczne wybory. W Krakowie wyłoniono w ich wyniku 75 radnych, w tym 73 kandydujących z list Krakowskiego Komitetu Obywatelskiego. Nowo wybrany organ uchwałodawczy krakowskiego samorządu przyjął nazwę „Rada Miasta Krakowa”, dla potrzeb uroczystych „Rada Stołecznego Królewskiego Miasta Krakowa”, pierwszym przewodniczącym odrodzonej rady został radny Kazimierz Barczyk, uchwałę o tym wyborze podpisał przewodniczący obrad, radny senior Marek Rostworowski.
Pomimo zdecydowanego zwycięstwa wyborczego środowiska solidarnościowego, rada nie była politycznie jednolita, a przez to była nieprzygotowana do wyboru prezydenta i pozostałych członków zarządu miasta. Sejm przewidział tę okoliczność i jeszcze przed wyborami samorządowymi w ustawie o podziale zadań i kompetencji określonych w ustawach szczególnych pomiędzy organy gminy a organy administracji rządowej zawarł postanowienie, iż „do czasu wyborów prezydentów miasta Krakowa i miasta Łodzi ich funkcję pełnią odpowiednio wojewoda krakowski i wojewoda łódzki”. Tak też się stało i powołany 29 maja 1990 roku przez premiera Tadeusza Mazowieckiego na przywrócony po reformie administracyjnej urząd wojewody krakowskiego Tadeusz Piekarz przejął jednocześnie obowiązki prezydenta miasta - można tu dostrzec pewne podobieństwo do statusu komisarzy miasta z lat 1914 i 1924-1926. Po 3 tygodniach Rada Miasta Krakowa dokonała jednak wyboru Zarządu Miasta z prezydentem Jackiem Woźniakowskim na czele. Tym samym otwarta została prezydentura miasta w warunkach odrodzonego samorządu. Nie oznaczało to jednak stabilizacji personalnej, pełnokadencyjnej. Ta nastąpiła od prezydentury Józefa Lassoty, utrwalając się poprzez prezydenturę Andrzeja Gołasia, do prezydentury obecnej.
W marcu 1991 roku Rada Miasta Krakowa skorzystała z przewidzianej w ustawie o samorządzie terytorialnym możliwości powołania dzielnic jako jednostek pomocniczych samorządu miasta - w miejsce istniejących od 1972 roku dzielnic administracyjnych utworzono 18 dzielnic samorządowych z radami dzielnic i zarządami z przewodniczącymi na czele. Pierwsze wybory do rad dzielnic przeprowadzono w dwóch terminach do kwietnia 1992 roku.
W maju 1991 roku rada przyjęła Statut Miasta Krakowa, z preambułą w brzmieniu: „Wybrana w pierwszych po 50 latach wolnych wyborach Rada Stołecznego Królewskiego Miasta Krakowa, Z czcią przyjmując obowiązek zachowania i pomnożenia danego nam poprzez umiłowane miasto dziedzictwa kultury narodowej, dziedzictwa, które stanowi cząstkę tradycji europejskiej, świadoma ograniczeń prawnych uniemożliwiających pełną realizację woli i ambicji wspólnoty samorządowej, uchwala ten Statut” (w tekście nawiązanie do wyborów z 18 grudnia 1938 roku).
W myśl zapisów Statutu organem wykonawczym miasta był 7-osobowy Zarząd Miasta, w skład którego wchodzili prezydent, wiceprezydenci i członkowie zarządu. Wykonywał on uchwały rady i zadania miasta określone przepisami prawa (w tym zadania własne samorządu oraz zadania zlecone z zakresu administracji rządowej, przyjęte na mocy porozumień z tymi organami). Do zadań zarządu należało w szczególności przygotowanie projektów uchwał rady, określanie sposobu wykonywania uchwał, gospodarowanie mieniem komunalnym, wykonywanie budżetu, zatrudnianie i zwalnianie kierowników miejskich jednostek organizacyjnych. Zarząd działał kolegialnie, pod przewodnictwem prezydenta rozpatrywał na posiedzeniach i rozstrzygał w drodze uchwał sprawy należące do jego kompetencji. Prezydent miasta organizował pracę zarządu, kierował bieżącymi sprawami miasta oraz reprezentował miasto na zewnątrz. W sprawach niecierpiących zwłoki, związanych z bezpośrednim zagrożeniem interesu publicznego, prezydent podejmował czynności należące do kompetencji zarządu, co podlegało późniejszemu zatwierdzeniu. Wydawał decyzje w indywidualnych sprawach z zakresu administracji publicznej w odniesieniu zarówno do zadań własnych, jak i zleconych miastu. Zarząd i prezydent wykonywali zadania przy pomocy Urzędu Miasta Krakowa określanego tradycyjnie „magistratem miasta Krakowa” lub „magistratem” - prezydent był kierownikiem magistratu, składającego się z wydziałów i jednostek równorzędnych wydziałom (biura, pracownie). W strukturze tej szczególną rolę odgrywali skarbnik miasta (główny księgowy budżetu) i sekretarz miasta (dyrektor magistratu — później funkcje te rozdzielono), niewchodzący w skład zarządu, posiadający jednak własne ustawowe kompetencje kontrasygnowania określonych decyzji finansowych lub organizacyjnych.
Przyjęty ustawami samorządowymi z 8 maja 1990 roku system ustrojowy utrwalony został Ustawą Konstytucyjną z 17 października 1992 roku o wzajemnych stosunkach między władzą ustawodawczą i wykonawczą Rzeczypospolitej Polskiej oraz o samorządzie terytorialnym, a następnie w Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej uchwalonej 2 kwietnia 1997 roku. System ten zakłada domniemanie właściwości w sprawach publicznych samorządu terytorialnego, a w jego obrębie domniemanie właściwości samorządu gminy (do którego zakresu działania i kompetencji należą wszelkie sprawy niezastrzeżone dla innych podmiotów).
Po prowadzeniu w 1998 roku trójstopniowego podziału terytorialnego kraju i ustanowieniu samorządu na szczeblu powiatowym ze starostami jako organami wykonawczymi na czele, Kraków jako gmina zaczął wykonywać również funkcje powiatu grodzkiego, rada miejska przyjęła wykonywanie dodatkowych zadań rady powiatu, a prezydent miasta podjął realizację funkcji starosty grodzkiego (podobnie jak w innych wielkich miastach odrębnych organów powiatowych nie powoływano).
Stabilizacja ustroju samorządu terytorialnego, a jednocześnie zasadnicza zmiana w pozycji ustrojowej prezydenta miasta nastąpiły z wejściem w życie ustawy z 20 czerwca 2002 roku o bezpośrednim wyborze wójtów, burmistrzów i prezydentów miast, dokonującej jednocześnie istotnych zmian w prawnej regulacji samorządu szczebla gminnego. Wprowadzono powszechne, równe, bezpośrednie i przeprowadzane w tajnych głosowaniach wybory na samorządowe urzędy wykonawcze, w tym na urząd prezydenta miasta (do tej pory takie wybory dotyczyły tylko radnych do rad gminnych, w tym miejskich). W konsekwencji prezydent miasta przestał być organem wykonawczym rady miasta, stając się organem gminy. Inicjuje i realizuje uchwały rady miasta, podlega kontroli z jej strony (interpelacje, komisje rewizyjne), jest jednak organem z mandatu niezależnego od rady (możliwość odwołania prezydenta przewidziano wyłącznie w drodze powszechnego referendum). Prezydenci utrzymali dotychczasowe kompetencje, przejmując jednocześnie do swojej właściwości zadania i kompetencje zlikwidowanych dotychczasowych zarządów miast. Zastępcy prezydenta stali się pracownikami magistrackimi powoływanymi przez tegoż prezydenta. Jednym z najistotniejszych instrumentów realizacji zadań stały się wydawane jednoosobowo zarządzenia prezydenta miasta, podlegające nadzorowi wojewody z punktu widzenia ich legalności, w trybie identycznym jak uchwały rady miasta.
Pierwsze wybory na nowych zasadach odbyły się 12 października 2002 roku (druga tura 10 listopada). W Krakowie pierwszym prezydentem pochodzącym z bezpośrednich wyborów został Jacek Majchrowski. To przełomowa dla pozycji prezydenta miasta reforma ustrojowa. Dała mieszkańcom bezpośredni wpływ na jedną z kluczowych kwestii samorządu, jaką jest wybór „głowy miasta”.
Tak oto w dokonanym przeglądzie zmieniających się - czasem drastycznie, czasem ewolucyjnie - form i rozwiązań ustrojowych towarzyszących etapom dziejowym Krakowa przeszliśmy długądrogę od sołtysa „nadanego” gminie przez księcia, właściciela miasta, do prezydenta wybieranego przez ogół mieszkańców, czyli wspólnotę samą się rządzącą. Pozornie dwa światy, ale w istocie to ciągle ten sam Kraków...
