Dawna wieś po lewej stronie Wisły, obecnie we wschodniej części miasta Krakowa, około 18 km od jego centrum, sąsiadująca z leżącymi do dziś poza granicą Krakowa Krzysztoforzycami i Karniowem, dalej z Wróżenicami, kolejno z Kościelnikami (od 1973 roku z Krakowem) oraz z Ruszczą i Wadowem (w tych dwóch przypadkach od 1951 z Krakowem).
We wzmiance pochodzącej z 1470 roku nazwa wsi zapisana w brzmieniu Wangrzynowycze, w zapisce z 1612 roku: Węgrzynowice. Nazwa wsi pochodzi od nazwy osobowej „Węgrzyn”.
Wieś podległa parafii pw. Wszystkich Świętych w Górce Kościelnickiej. W godle na pieczęci z połowy XIX wieku włościanin w polu z sierpem w ręce, na pieczęci z okresu II Rzeczypospolitej oko opatrzności.
W wyniku nieznanej z daty lokacji Węgrzynowic na prawie niemieckim wytyczono ich centrum w rejonie dzisiejszej ulicy Węgrzynowickiej oraz przyjęto niwowy rozłóg pól. W drugiej połowie XV wieku po zachodniej stronie centrum wzmiankowane były folwark i karczma, w 1789 roku na terenie folwarku istniał dwór. W XIX wieku odnotowywano nazwy pól i rejonów wsi: Od Krzysztoforzyce, Miejscowa, Pod Górą, Błonie.
Historycznie wieś była własnością duchowną. Pierwotnie w rękach szlacheckich, w 1398 roku przekazana przez Rosłowicza klasztorowi Benedyktynów w Tyńcu – Węgrzynowice pozostały własnością opactwa tynieckiego przez wieki; dopiero pod koniec XVIII wieku odnotowane jako własność skarbu państwa Rzeczypospolitej. Od roku 1790 Węgrzynowice znajdowały się w rękach prywatnych; rozbudowano wtedy zespół dworski wzbogacony o park krajobrazowy. W drugiej połowie XIX wieku we wsi było 17 domów i 121 mieszkańców. W latach 1862–1904 jako właściciele występowali Zapalscy (zapisywani też w brzmieniach Zępalski i Zapolski).
Przed rozbiorami gromada Węgrzynowice należała do powiatu proszowickiego, po roku 1795 znalazła się jako gmina w austriackim cyrkule krakowskim. Po epizodzie przynależności do Księstwa Warszawskiego, od 1815 roku, w Rzeczypospolitej Krakowskiej jako gromada w gminie okręgowej Kościelniki, od 1838 roku w dystrykcie Mogiła. W roku 1846 wieś powróciła jako gromada (od 1856 roku gmina) pod zabór austriacki. Od 1866 roku Węrzynowice miały status gminy jednostkowej, należały do powiatu krakowskiego – stan ten przetrwał do czasów II Rzeczypospolitej, do roku 1933. W 1934 roku wieś przemianowana została na gromadę i włączona w skład gminy zbiorczej Ruszcza. Nie uległo to zmianie (także w okresie okupacji niemieckiej) do roku 1954, kiedy to Węgrzynowice objęto wielowioskową gromadą Dojazdów, nadając im status wsi (od 1958 roku stanowiącej sołectwo); w 1960 roku gromadę tę przemianowano na gromadę Kocmyrzów. Obowiązywało to do 1972 roku, kiedy to z mocą od 1973 roku Węgrzynowice weszły ze statusem wsi-sołectwa w skład nowo utworzonej wielowioskowej gminy Kocmyrzów-Luborzyca.
W roku 1986 wieś Węgrzynowice wyłączona została ze struktury ustrojowej powiatu krakowskiego i włączona do granic miasta Krakowa, do dzielnicy administracyjnej Nowa Huta.
Obecnie tereny tej dawnej wsi stanowią część dzielnicy samorządowej XVII Wzgórza Krzesławickie.
Ze Słownika geograficznego z lat 1880–1902:
Węgrzynowice, wieś w okolicy lekko sfałdowanej, o glebie glinkowatej, urodzajnej. Starożytna, lecz mała wioska liczy 17 domów i 121 mieszkańców (18 izraelitów). Parafia rzymsko-katolicka w Górce Kościeleckiej. Posiadłość większa ma dwie całości tabularne [dworskie]. Za Długosza należała wieś do opactwa tynieckiego. Miała 6 łanów kmiecych, zagrodę bez roli, karczmę i pole klasztorne. W 1581 posiadał ją Trzecieski; miała 4 łany kmiece i 3 zagrodników z rolą.
