Wojska Armii Czerwonej wkroczyły cło Krakowa 18 stycznia 1945 roku, 2 dni później wyparte zostały ostatnie oddziały niemieckie z Podgórza. Niemcy zdążyli ewakuować swoich osadników oraz okupacyjną administrację gubernialną i miejską. W opuszczonej siedzibie Generalnego Gubernatora Hansa Franka na Wawelu zainstalowano wojskową komendanturę pod dowództwem pułkownika Wiaczesława Bobrownika, natomiast dawną siedzibę Gubernatora Dystryktu Krakowskiego w pałacu Potockich „Pod Baranami” zajęła komendantura wojenna Krakowa z komendantem wojennym miasta pułkownikiem Fiedosienką, nominowanym 20 stycznia tegoż roku. Podlegał on komendanturze wojskowej, został wyposażony w pełną władzę cywilną nad miastem, niebawem ograniczoną szybkim powstaniem nowych władz miejskich. Rozpoczął swe rządy od zarządzenia ewidencji mężczyzn oraz oddawania broni i urządzeń „strategicznych”, jak radioodbiorniki czy powielacze. Zorganizował pierwsze prace publiczne dla usunięcia wojennych zniszczeń. Obowiązywała godzina policyjna. Gdy administrowanie przejęła władza cywilna, głównym jego zadaniem stało się czuwanie nad prawidłowością wdrażania nowego porządku polityczno-administracyjnego oraz nad bezpieczeństwem wewnętrznym; komendant działał wespół z równolegle utworzoną krakowską placówką przybyłej w ślad za Armia Czerwoną policji bezpieczeństwa - Ludowego Komisariatu Spraw Wewnętrznych (NKWD).
Od przełomu lat 1943/1944 działała Krajowa Rada Narodowa (KRN) , podziemny parlament powołany przez Polską Partię Robotniczą, wyłonioną w 1942 roku przez obóz komunistyczny, KRN miała stać się najwyższym organem władzy państwowej po wkroczeniu Armii Czerwonej na wyzwolone spod niemieckiej okupacji ziemie polskie. Jego tymczasową rządową emanacją stał się PolskiKomitet Wyzwolenia Narodowego (PKWN) z siedzibą w Chełmie, następnie w Lublinie. 22 lipca 1944 roku ogłosił on polityczny program nowej władzy zawarty w Manifeście Lipcowym; program ten stał się podstawą ustawodawstwa przyszłej Polski Ludowej. Ideowo nawiązywał do Manifestu Tymczasowego Rządu Ludowego Republiki Polskiej z listopada 1918 roku, ustrojowo nawiązywał do Konstytucji marcowej z 1921 roku. Z końcem grudnia 1944 roku w miejsce PKWN ustanowiono Rząd Tymczasowy RP. Po konferencji w Jałcie w lutym roku 1945, uznającej pozostawanie Polski w sferze wpływów Związku Radzieckiego, powołano w czerwcu tego roku Tymczasowy Rząd Jedności Narodowej z premierem Edwardem Osóbką-Morawskim. W jego skład weszły również, poza Polską Partią Robotniczą (od 1945 roku z Władysławem Gomułką w składzie rządu), także ugrupowania socjalistyczne i inne lewicowe, w tym Polskie Stronnictwo Ludowe Stanisława Mikołajczyka, Polska Partia Socjalistyczna — Wolność, Równość, Niepodległość (z Zygmuntem Żuławskim, wcześniejszym nominatem na urząd konspiracyjnego prezydenta Krakowa w składzie rządu, od 1946 roku także z Józefem Cyrankiewiczem, ministrem bez teki) oraz Stronnictwo Ludowe i Stronnictwo Demokratyczne. Rząd ten działał do 1947 roku, kiedy to został rozwiązany decyzją Sejmu Ustawodawczego.
KRN i „rząd lubelski” (oraz jego kolejne odmiany) od 1944 roku przygotowywały przejęcie władzy na terenach oswobadzanych spod okupacji niemieckiej, od roku 1945 konsekwentnie i skutecznie władzę tę obejmując i utrwalając. W Krakowie KRN powołała w maju 1944 roku Wojewódzką Radę Narodową (WRN), stworzoną głównie przez reprezentantów Polskiej Partii Robotniczej (PPR), Polskiej Partii Socjalistycznej i Stronnictwa Ludowego „Wola Ludu” z Witoldem Wyspiańskim na czele. Na pierwszym jawnym posiedzeniu 19 stycznia 1945 roku w sali posiedzeń Zarządu Miasta w pałacu Wielopolskich WRN zapowiedziała utworzenie Miejskiej Rady Narodowej złożonej docelowo z 72 członków - zgodnie z dekretem PKWN z 21 sierpnia 1944 roku o trybie powoływania władz administracji ogólnej I i II instancji (uchylono w nim niemiecki podział okupacyjny kraju i przywrócono przedwojenny model podziału trójstopniowego). 24 stycznia 1945 roku ukonstytuowała się Miejska Rada Narodowa (MRN) złożona z radnych delegowanych przez partie polityczne z dominującą rolą PPR i PPS, w składzie zaledwie 14-osobowym (pełny skład 72 radnych zostanie osiągnięty pod koniec 1945 roku). MRN wybrała przewodniczącego w osobie Aleksandra Żaruka -Michalskiego z PPS, powierzając mu jednocześnie urząd prezydenta miasta kierującego kolegialnym Zarządem Miejskim. Po kilku dniach, wobec międzypartyjnego uzgodnienia, w myśl którego PPR miała obsadzać urząd prezydencki, natomiast PPS przypadało stanowisko wojewody i przewodniczącego MRN, Zaruk-Michalski złożył rezygnację - 5 lutego prezydentem miasta został przedwojenny działacz lewicowy Alfred Fiderkiewicz; stanowisko przewodniczącego MRN oddzielono od tego urzędu.
Zarząd Miejski, zwany magistratem, funkcjonował w tym okresie w zakresie działania i strukturze przejętej z czasu okupacji, w schemacie wewnętrznej organizacji opartej na wydziałach. Co do zasady pozycja prezydenta i Zarządu Miejskiego były kontynuacją rozwiązań przedwojennych, skorygowanych wprowadzonym systemem rad narodowych. I tak:
-Zgodnie z regulacjami ustanowionymi przez KRN i PKWN (w tym dekretem PKWN z 23 listopada 1944 roku o organizacji i zakresie działania samorządu terytorialnego) nowy schemat organizacyjny aparatu państwowego w terenie otrzymał strukturę dualistyczną, w której występował pion organów administracji rządowej,a także pion samorządu. Oba te piony „spinały” w sobie rady narodowe. Rady narodowe szczebla podstawowego były terenowymi organami uchwałodawczymi władzy państwowej, stanowiącymi jednocześnie reprezentację samorządu terytorialnego. Ich organy wykonawcze — w miastach prezydenci i zarządy miejskie - były organami wykonawczymi samorządu terytorialnego. Dualizm dotyczył zatem pozycji ustrojowej rad narodowych. W praktyce w latach 1945-1950 w działaniu rad i ich organów nie było równowagi, stopniowo rosła rola państwa, a malała samorządu, który stawał się instytucją fasadową i władzy centralnej niepotrzebną.
-Stan ten zlikwidowała ustawa z 20 marca 1950 roku o terenowych organach jednolitej władzy państwowej, która zasadniczo zmieniła system administracyjny. Ustawa ta zniosła organy samorządu terytorialnego, organy administracji ogólnej i wiele urzędów terenowych administracji niezespolonej (administracja szkolna, finansów, pracy), przekazując całość kompetencji terenowym radom narodowym i ich organom wykonawczym w postaci prezydiów tych rad. W ten sposób zlikwidowano dualizm, a w jego miejsce ustanowiono połączenie władzy ustawodawczej i wykonawczej w jednej organizacji państwowej. Rok 1950 przyjmuje się zatem za końcowy dla funkcjonowania samorządu według modelu tworzonego w Krakowie od czasów autonomii galicyjskiej, a ukształtowanego rozwiązaniami przyjętymi w II Rzeczypospolitej. Rada Narodowa stała się organem nadrzędnym w stosunku do prezydium, będącego jej organem wykonawczo-zarządzającym i jednocześnie kolegialnym organem administracji państwowej. Przewodniczący prezydium pełnił funkcję jednoosobowego organu administracji państwowej. Wydziały prezydium rady narodowej zarządzały sprawami należącymi do właściwości rad narodowych.
Dla władz krakowskich oznaczało to likwidację urzędu prezydenta miasta Krakowa i Zarządu Miejskiego oraz nowe ukształtowanie pozycji i struktury Prezydium Miejskiej Rady Narodowej (PMRN) w Krakowie, zgodnie z wprowadzoną reformą. Pozycja ustrojowa przewodniczącego PMRN w tak ukształtowanym systemie władzy miejskiej pozwala urząd ten uznać za równorzędny urzędowi prezydenta miasta, jednak nie w znaczeniu samorządowym, lecz państwowo-administracyjnym.
Na posiedzeniu Miejskiej Rady Narodowej 6 czerwca 1950 roku wybrano 6-osobowe Prezydium z przewodniczącym Marcinem Waligórą, dwoma zastępcami, sekretarzem i dwoma członkami. Ponieważ Prezydium Rady było organem wykonawczym, dlatego każdorazowo na rozpoczynającej się sesji wybierano przewodniczącego i sekretarza obrad. Z kolei Zarząd Miasta stał się Urzędem Miasta Krakowa, nadal zwanym magistratem, podległym Prezydium. Co do zasady zachował swoją dotychczasową strukturę wydziałowo-branżową, rozbudowywaną w ślad za przejmowaniem przez państwo coraz to nowych dziedzin życia z obszarami gospodarczymi (przemysł, handel, usługi) na czele.
Urząd Miasta działał poprzez urzędy obwodowe, utworzone jeszcze przed wojną, a powiększone liczebnie w trakcie okupacji do 10. W rezultacie zlokalizowania i budowy pod Krakowem kombinatu metalurgicznego i dzielnicy mieszkaniowej (początkowo planowanej jako samodzielne miasto powiatowe), w 1951 roku włączono do granic Krakowa 14 gmin leżących po wschodniej stronie miasta i utworzono pierwszą dzielnicę administracyjną — Nową Hutę. Uruchomiono Urząd Dzielnicowy dla Nowej Huty, w marcu tego roku odbyła się pierwsza sesja tamtejszej Dzielnicowej Rady Narodowej. Rozpoczęły się przygotowania do utworzenia w miejsce urzędów obwodowych kolejnych dzielnic - proces ten zostanie zakończony w 1954 roku, gdy dla 6 utworzonych dzielnic wybrane zostaną rady narodowe.
Model ustrojowy jednolitej władzy państwowej, wprowadzony w 1950 roku w miejsce zlikwidowanego systemu ustroju państwa opartego o zasadę trójpodziału władz, został ostatecznie usankcjonowany w uchwalonej przez Sejm Ustawodawczy 22 lipca 1952 roku Konstytucji Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej.
