Dawna wieś po prawej stronie Wisły, obecnie w południowej części miasta Krakowa, około 7 km od jego centrum, przy starym trakcie do Oświęcimia (dzisiejsza ulica Kobierzyńska), sąsiadująca z Pychowicami, Zakrzówkiem (od 1910 roku z Krakowem), Borkiem Fałęckim, Opatkowicami, Sidziną i Skotnikami. W północno-wschodniej części wsi na przełomie wieków XVII i XVIII ukształtował sie przysiółek Zalesie.
W najstarszej znanej wzmiance, pochodzącej z 1350 roku, nazwa wsi została zapisana w brzmieniu Coberzin. W innych dawnych zapiskach w postaciach: Coberzino (1354), Kobirzyn (1362), Kobyerzyn (1470), Kobwrin (1511), Kobierzin (1581). Nazwa wsi być może pochodzi od słowa „kobierz” oznaczającego łopian.
Wieś pierwotnie należała do parafii pw. św. Stanisława na Skałce, następnie do parafii pw. św. Jakuba Apostoła w Kazimierzu przy Krakowie, na przełomie XIX i XX wieku do parafii pw. Przemienienia Pańskiego w Wróblowicach, od 1934 roku zaś posiadała własną parafię pw. Matki Bożej Królowej Polski w Kobierzynie. Godło wsi przyjęte na pieczęciach znanych od połowy XIX wieku to przedstawienie głów kury i koguta.
W 1450 roku król Kazimierz Jagiellończyk przeniósł wieś Kobierzyn z prawa polskiego na prawo średzkie; wytyczono centrum w rejonie dzisiejszej ulicy Babińskiego oraz niwowy rozłóg pól. W XIX wieku odnotowywano nazwy pól i rejonów wsi: Wzór Północny, Wzór Południowy, Krzyż, Zapaście – oraz rozległe Zalesie stanowiące z czasem nazwę przysiółka w ramach wsi Kobierzyn.
Historycznie wieś była własnością szlachecką. W latach 1386–1411 stanowiła własność Piotra z Marcinowic, w XV wieku dzierżył ją wojewoda sandomierski Jan z Oleśnicy, od 1546 roku znajdowała się w rękach kasztelana poznańskiego Andrzeja Górki. W 1873 roku założono w Kobierzynie cmentarz choleryczny, pod koniec XIX wieku w ramach Twierdzy Kraków w rejonie dzisiejszej ulicy Zawiłej wzniesiono kompleks koszar, od 1910 roku w południowo- zachodniej części wsi urządzano obiekty zespołu szpitala psychiatrycznego.
Przed rozbiorami gromada Kobierzyn należała do sięgającego na północ po Wisłę powiatu szczyrzyckiego, po roku 1772 znalazła się jako gmina w austriackim cyrkule wielickim, od 1782 roku w cyrkule myślenickim. W okresie Księstwa Warszawskiego wieś miała odrębny status gromadzki w ramach departamentu i powiatu krakowskiego. W 1815 roku Kobierzyn powrócił jako gromada (od 1856 roku gmina) pod zabór austriacki, do cyrkułu myślenickiego, w 1819 roku przekształconego w cyrkuł wadowicki. W okresie autonomii galicyjskiej, od 1866 roku, wieś mająca status gminy jednostkowej należała do powiatu wielickiego, od 1896 roku do powiatu podgórskiego – stan ten przetrwał do czasów II Rzeczypospolitej, do roku 1923, kiedy to Kobierzyn objęto powiatem krakowskim. W 1934 roku gmina Kobierzyn przekształcona została w gromadę w ramach gminy zbiorczej Borek Fałęcki.
W roku 1941 znajdujący się w okupacyjnym departamencie i powiecie krakowskim Generalnego Gubernatorstwa Kobierzyn (liczący wówczas 5,66 km² i 4035 mieszkańców) włączony został do granic Krakowa, do jego X obwodu administracyjnego, jako XXVI dzielnica katastralna.
Obecnie tereny tej dawnej wsi stanowią część dzielnicy samorządowej VIII Dębniki.
Ze Słownika geograficznego z lat 1880–1902:
Kobierzyn, wieś w powiecie wielickim, przy drodze z Borka Fałęckiego do Skawiny, 7,6 km na zachód od Podgórza, 395 rzymskich katolików. Lasy przeważnie liściowe otaczają wieś od strony północno-wschodniej. Jest tutaj szkoła ludowa jednoklasowa, a według Starowolskiego miał się znajdować kościół parafialny, z którego jednak niema śladów.
