Dawna wieś po lewej stronie Wisły, obecnie we wschodniej części miasta Krakowa, około 6 km od jego centrum, przy starym trakcie na Ruś, sąsiadująca z Bieńczycami, Mogiłą, Łęgiem, Dąbiem (od 1911 roku z Krakowem) i Rakowicami. Okresowo przysiółkiem Czyżyn była wymieniona tu wieś Łęg. W najstarszej znanej wzmiance, pochodzącej z 1217 roku, nazwa wsi została zapisana w brzmieniu Cyrino. W innych dawnych zapiskach w postaciach: Cirini (1244), Czisrini (1336), Czirzyny (1427), Czirzini (1470), Czyrzyny. Nazwa wsi pochodzi od nazwy osobowej „Czyra”.
Wieś przez cały okres swojej wielowiekowej samodzielności należała do parafii pw. św. Bartłomieja Apostoła w Mogile. Na pieczęci odciśniętej w 1847 roku trudne do ustalenia godło wsi – postać prawdopodobnie włościanki w stroju ludowym w tanecznym geście na polanie wśród drzew.
W roku 1294 król czeski Wacław II wydał zgodę na lokację Czyżyn na prawie niemieckim, co potwierdził w 1336 roku król Kazimierz Wielki. Wytyczono centrum w rejonie dzisiejszych ulic Woźniców i Ławniczej oraz łanowy rozłóg pól. W XIX wieku odnotowywano nazwy tamtejszych pól i rejonów wsi: Miejscowa, Łysa Góra, Ogrody, Stawy.
Historycznie Czyżyny były własnością duchowną. Z pierwotnej własności książęcej w roku 1217 książę Leszek Biały dokonał nadania na rzecz klasztoru Bożogrobców w Miechowie, w roku 1238 książę Henryk Brodaty nadał część Czyżyn konwentowi Cystersów w Mogile, w roku 1250 cystersi uzyskali kolejny dział. W XV wieku wzmiankowany został kamienny most na bagnach Prądnika, w jego pobliżu powstała karczma. W ramach fortyfikacji Twierdzy Kraków przed 1870 rokiem powstał we wsi fort Pszorna. W 1914 roku działało już na polach Czyżyn, Rakowic i Bieńczyc lotnisko wojskowe. W latach 1837–1838 wybudowano we wschodniej części wsi zakłady tytoniowe.
Przed trzecim rozbiorem gromada Czyżyny należała do powiatu krakowskiego, po roku 1795 znalazła się jako gmina w austriackim cyrkule krakowskim. W okresie Księstwa Warszawskiego wieś miała odrębny status gromadzki, tworząc wraz z Łęgiem wspólną gminę pod nazwą Czyżyny w ramach departamentu i powiatu krakowskiego. W 1815 roku Czyżyny weszły w granice państwa-miasta Rzeczypospolitej Krakowskiej jako gromada w składzie wielowioskowej gminy obwodowej Mogiła. W roku 1846 wieś powróciła jako gromada (od 1856 roku gmina) pod zabór austriacki. W okresie autonomii galicyjskiej, od 1866 roku, wieś miała nadal status jednowioskowej gminy (gminy jednostkowej). Od roku 1866 do lat 80. XIX wieku w granicach Czyżyn znalazł się jako przysiółek Łęg. To gminne usytuowanie Czyżyn przetrwało do czasów II Rzeczypospolitej, do roku 1933. W 1934 roku dotychczasowa gmina Czyżyny przekształcona została w gromadę w ramach wielowioskowej gminy zbiorczej Mogiła.
W roku 1941 znajdujące się w okupacyjnym departamencie i powiecie krakowskim Generalnego Gubernatorstwa Czyżyny (liczące wówczas 4,56 km² i 2846 mieszkańców) włączone zostały do granic Krakowa, do jego V obwodu administracyjnego, jako XLIV dzielnica katastralna miasta.
Obecnie tereny tej dawnej wsi stanowią część dzielnicy samorządowej XIV Czyżyny.
Ze Słownika geograficznego z lat 1880–1902: Czyżyny, wieś, powiat krakowski, parafia. Mogiła. W roku 1217 Leszek książę polski nadaje klasztorowi miechowskiemu karczmę we wsi Czyrzyny. W połowie XV wieku własność klasztoru w Mogile, który od 7 łanów i 2 karczem pobiera dziesięcinę wartości do 8 grzywien. Klasztor cystersów w Mogile posiada tu 215 morgów roli ornej i łąk i 142 morgi lasu. Domów 136, mieszkańców 838. Szkoła ludowa 1-klasowa.
