Dawna wieś po lewej stronie Wisły, obecnie w północno-wschodniej części miasta Krakowa, około 7 km od jego centrum, nad rzeką Dłubnią, sąsiadująca z Mistrzejowicami, Zesławicami, Krzesławicami i Mogiłą, jak też z Czyżynami, Rakowicami i Prądnikiem Czerwonym (w przypadku trzech ostatnich od 1941 roku z Krakowem).
W najstarszej znanej wzmiance, pochodzącej z 1224 roku, nazwa wsi odnotowana w brzmieniu Benchiz. W innych dawnych zapiskach: Benschicze, Binczicze, Zbyenczicze, Byenczicze (1470). Nazwa wsi pochodzi od nazwy osobowej „Bieniek”.
Wieś należała do parafii pw. św. Małgorzaty Dziewicy i Męczennicy w Raciborowicach. W godle umieszczonym na pieczęci z połowy XIX wieku przedstawienie włościanina podczas pracy w polu.
Nieznana z daty lokacja wsi na prawie niemieckim wytyczyła jej centrum w rejonie dzisiejszych ulic Kaczeńcowej i Cienistej (wzdłuż której Bieńczyce się rozwinęły). W 1391 roku wzmiankowano młyn nad Dłubnią, w 1449 roku drugi młyn nad młynówką, w drugiej połowie XV wieku w rejonie obecnej ulicy Kaczeńcowej istniał już dwór z ogrodami i folwarkiem. W XIX wieku odnotowywano nazwy pól i rejonów wsi: Niwy, Morgi, U Góry, Łonie, Łąki oraz Budzynie (skupisko zabudowy wzdłuż północnego odcinka dzisiejszej ulicy Fatimskiej).
Historycznie wieś stanowiła własność duchowną. Pierwotnie należała do kościoła św. Michała na Skałce. Najpóźniej w 1317 roku była już własnością prepozytury kościoła św. Floriana w Kleparzu przy Krakowie, pozostając w jej rękach przez wieki i stanowiąc uposażenie każdorazowego proboszcza tego kościoła. W latach 40. XIX wieku wzdłuż dzisiejszych ulic Bieńczyckiej i Kocmyrzowskiej powstał odcinek drogi kocmyrzowskiej, pod koniec tegoż wieku poprowadzono wzdłuż tej drogi odcinek nieistniejącej już kolei kocmyrzowskiej.
Przed trzecim rozbiorem gromada Bieńczyce należała do powiatu krakowskiego, po roku 1795 znalazła się jako gmina w austriackim cyrkule krakowskim. W 1815 roku wieś weszła w granice Rzeczypospolitej Krakowskiej jako gromada w składzie gminy obwodowej Mogiła, od roku 1838 dystryktu Mogiła. W roku 1846 wieś powróciła jako gromada (od 1856 roku gmina) pod zabór austriacki. W latach 1866–1933 miała status gminy jednostkowej w ramach powiatu krakowskiego. Od roku 1934 dotychczasowa gmina Bieńczyce przekształcona została w gromadę Bieńczyce w ramach gminy zbiorczej Mogiła. W takiej pozycji ustrojowej wieś pozostawała w latach 1939–1945 w okupacyjnym departamencie i powiecie krakowskim Generalnego Gubernatorstwa.
W roku 1951 znajdująca się nadal w gminie Mogiła powiatu krakowskiego gromada Bieńczyce włączona została do granic Krakowa jako LIV dzielnica katastralna położona w nowo utworzonej dzielnicy administracyjnej Nowa Huta.
Obecnie tereny tej dawnej wsi tworzą dzielnicę samorządową XVI Bieńczyce, ich części weszły też w obszary dzielnic samorządowych XVIII Nowa Huta i XIV Czyżyny.
Ze Słownika geograficznego z lat 1880–1902:
Bieńczyce, wieś, 80 domów, 537 mieszkańców, probostwo łacińskie w Raciborowicach, obszar dworski jest własnością probostwa św. Floriana w Krakowie, szkoła ludowa dwuklasowa. Obszar większy należy do probostwa św. Floryana w Krakowie. W połowie XV wieku wieś ta, własność prepozyta kościoła św. Floryana za murami Krakowa, miała 17 łanów kmiecych, 6 zagrodników z ogrodami, 3 karczmy z rolą. Dziesięcinę z nich wartości do 40 grzywien pobierał prepozyt. Z ról folwarcznych i młynarskich, i trzech pól pobierał dziesięcinę klasztor na Skałce, wartości do 6 grzywien.
